消除眼等六根，无始以来之罪垢，以无量之功德庄严之，使之清净洁白也。由此清净之功德而六根各发无碍之妙用，且得六根互用之自在也。法华经法师功德品曰：“若善男子善女人，受持是法华经，若读若诵，若解说，若书写，是人当得八百眼功德，千二百耳功德，八百鼻功德，千二百舌功德，八百身功德，千二百意功德。以是功德庄严，六根皆令清净。（中略）父母所生清净肉眼，见于三千大千世界内外所有山林河海，下至阿鼻地狱，上至有顶。亦见其中一切众生及业因缘果报生处，悉见悉知。（中略）以是清净意根乃至闻一偈一句，通达无量无边之义。”（经中具说六根，今举初后之二根）。普贤观经曰：“乐得六根清净者，当学是观。”圆觉经曰：“心清净，眼根清净，耳根清净，鼻舌身意复如是。”知度论十一曰：“布施时，六根清净善欲心生。”
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