现图置释迦于第二院，经轨置于第三院。是经轨依大日经具缘品所云：“次往第二院，东方初门中画释迦牟尼。”之文。然据阿阇梨之说，则若依自内向外之次第，文殊院应为第二重，释迦院（合外金刚部）应为第三重。今释迦院为第二者，是示大智大悲次第故也。故作此曼陀罗，先作中胎并第一重。是为大日内证之智德故也。次越第二重而作第三重之释迦院，是为大日外用之悲德故也。即大智大悲不二之次第也。次还作第二重之文殊院等，是兼悲智具二利故也。然则经文之第二院，依法门次第，释迦作第二番故云第二院，文殊作第三番故云第三院。是但为治慢法之人，特安密语耳。大日经疏五曰：“次往第二院画释迦牟尼。阿阇梨云：此中第二是隐密语耳，若从中向外当以释迦牟尼眷属为第三院，今则以毗庐遮那法门眷属为第一，释迦牟尼眷属为第二。诸菩萨在悲智之间，上求下化故为第三。所以如此互文者，此是如来密藏，为防诸慢法人不从师受者变乱经文，故须口传相付也。”同十二曰：“前曼荼罗中，云第二院置释迦，第三院文殊师利。此文互也。由下先定中胎竟直向第三院定之，故云第二，非是第二则是第三重也。”又云：现图之苏悉地院，不载于经轨者，诸师合之于虚空藏院之意也。
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